O arquivo de configuração (chamado php3.ini no PHP 3.0, e simplesmente php.ini no PHP 4.0) é lido quando o PHP inicia. Para as versões de módulos de servidor do PHP, isso só acontece uma vez quando o servidor é iniciado. Para as versões CGI e CLI acontece em cada execução.
A localização padrão do php.ini é uma opção de compilação (veja a FAQ correspondente), mas pode ser modificada para as versões CGI e CLI com o opcional -c (mais informações em utilizando o PHP na linha de comando). Você também pode utilizar a variável ambiente PHPRC para colocar caminhos adicionais para a procura do arquivo php.ini.
Nota: O servidor web Apache muda o diretório root na inicialização fazendo com que o PHP tente ler o php.ini a partir da raiz do sistema de arquivos, se existir.
Note que nem todas as diretivas do PHP estão documentadas a seguir. Para uma lista completa, leia o seu próprio e bem comentado arquivo php.ini. Você também pode ver a versão mais atualizada diretamente do CVS.
Nota: O valor default da diretiva register_globals mudou de on para off a partir do PHP 4.2.0.