如果系統中同時存在 Jaz 磁碟機和其他 SCSI 硬盤，多數系統從 SCSI 編號最低的設備啟動 Linux 系統。 Jaz 磁碟機的 SCSI 編號可從 0 到 6，一般磁碟機出廠時均設為 5。有些 BIOS 會跳過 Jaz 等這類可加卸的設備，不讓 Jaz 啟動系統。但如 BIOS 允許從 Jaz 啟動，則可將 SCSI 主硬盤的 SCSI 編號改為 1，將 Jaz 的 SCSI 編號從 5 改為 0，然後啟動系統。
通常一般系統是 Jaz 磁碟機與 IDE 硬盤並存。幾乎所有 BIOS 都會從第一個 IDE 硬盤啟動。 有些 BIOS 允許改變 BIOS 內的設定，使系統可從 SCSI 磁碟機啟動。另一些 BIOS 可能要在 IDE 設備失去作用的情況下才允許 SCSI 設備啟動。甚至有一些 BIOS 還要系統卸除 IDE 設備後才可使用 SCSI 設備啟動。
雖然從 Jaz 磁片運行 Linux 遠比從硬盤運行慢得多，但 Jaz 磁碟機是一個極好的 ERD （緊急維修磁片）。此外，能很快試用一種新 Linux 系統或在他人的電腦試用 Linux 系統也是一件好玩的事。
在 Jaz 磁片上安裝 Linux 的最簡單方法就是把 Jaz 磁碟機作為系統的唯一磁碟機安裝 Linux 系統。 用這種方法安裝 RedHat 5.2，完全成功。如果對更改 LILO 沒有信心，那這是唯一的辦法。
如果要從運行的系統“安裝”，則時常可在 Jaz 磁片上“建立”一個可啟動的系統。
/dev內的文檔都已拷貝，並確定所有權限、
所有權和群組都獲保留。/jaz/etc/fstab
以便適當加載 Jaz 磁片上的分割區。同時在 /jaz/etc/lilo.conf 作出相應修改。rdev 使其將 Jaz 磁片加載成 Root。用軟盤啟動，
然後運行 LILO 使 Jaz MBR 成為可啟動磁片。