Package Bio :: Package SubsMat :: Module MatrixInfo
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Source Code for Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

   1  """ 
   2  A whole bunch of substitution matrices for use in alignments, etc. 
   3   
   4  The info on this page was obtained from: 
   5      http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html 
   6  and was extracted using the code in 'get_matrices.py.' 
   7  """ 
   8  # a list of all available substitution matrices 
   9  available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 
  10                        'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45',  
  11                        'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62',  
  12                        'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80',  
  13                        'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng',  
  14                        'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant',  
  15                        'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach',  
  16                        'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180',  
  17                        'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60',  
  18                        'pam90', 'rao', 'risler', 'structure' 
  19                       ] 
  20   
  21  #NOTE - The only reason we define temp functions rather than assinging 
  22  #the dictionaries directly to variables is too work arround a JVM 
  23  #limitation on code size if runnning under Jython. The temp functions 
  24  #have an underscore to indicate they are private, and are in any case 
  25  #deleted after use (partly to ensure we don't use any of them twice). 
  26   
  27  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp 
28 -def _temp():
29 return { 30 ('W', 'F') : -1.6, ('L', 'R') : -3.2, ('I', 'I') : 4.4, ('Q', 'Q') : 5.3, 31 ('W', 'N') : -4.4, ('V', 'I') : 3.9, ('H', 'T') : -1.7, ('H', 'P') : -0.4, 32 ('W', 'V') : -4.8, ('Q', 'E') : 2.1, ('W', 'R') : 2.0, ('Q', 'A') : -1.7, 33 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.1, ('L', 'N') : -3.4, ('Y', 'M') : -3.6, 34 ('Y', 'I') : -3.3, ('Y', 'E') : -4.1, ('E', 'S') : -1.2, ('Y', 'A') : -4.0, 35 ('Y', 'Y') : 9.5, ('T', 'C') : -1.5, ('E', 'C') : -4.7, ('Y', 'Q') : -1.4, 36 ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.7, ('C', 'C') : 12.1, ('M', 'R') : -3.0, 37 ('P', 'T') : 0.6, ('V', 'E') : -3.0, ('P', 'P') : 6.5, ('I', 'T') : 0.7, 38 ('K', 'S') : -1.2, ('R', 'G') : -0.1, ('I', 'P') : -2.0, ('R', 'C') : -0.4, 39 ('A', 'T') : 1.7, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 1.1, ('V', 'M') : 3.3, 40 ('I', 'D') : -4.2, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.4, ('R', 'S') : -0.9, 41 ('F', 'Q') : -4.4, ('F', 'A') : -3.2, ('V', 'V') : 4.0, ('M', 'N') : -2.5, 42 ('F', 'E') : -6.7, ('D', 'N') : 2.5, ('F', 'I') : 0.0, ('F', 'M') : -0.1, 43 ('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -2.4, ('W', 'E') : -5.6, 44 ('W', 'A') : -4.3, ('W', 'M') : -4.4, ('H', 'S') : -0.9, ('W', 'I') : -5.0, 45 ('S', 'C') : 0.9, ('L', 'A') : -1.3, ('L', 'E') : -5.0, ('W', 'Q') : -2.6, 46 ('H', 'G') : -2.1, ('Q', 'N') : 0.1, ('H', 'C') : -1.2, ('L', 'M') : -2.9, 47 ('W', 'Y') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.9, ('E', 'P') : -2.6, ('Y', 'F') : 5.6, 48 ('E', 'T') : -1.6, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.5, ('G', 'A') : 0.8, 49 ('Y', 'V') : -3.8, ('E', 'D') : 4.4, ('W', 'H') : -2.8, ('Y', 'R') : -2.6, 50 ('M', 'Q') : -3.1, ('P', 'S') : 1.4, ('R', 'H') : 1.8, ('A', 'C') : -1.7, 51 ('R', 'D') : -1.5, ('K', 'P') : -2.3, ('L', 'D') : -5.3, ('K', 'T') : -1.1, 52 ('V', 'N') : -2.4, ('M', 'A') : -0.2, ('K', 'H') : 0.9, ('V', 'R') : -3.7, 53 ('P', 'C') : -2.7, ('M', 'E') : -4.1, ('A', 'S') : 1.4, ('T', 'T') : 2.4, 54 ('R', 'T') : -1.3, ('I', 'G') : -3.4, ('R', 'P') : -1.3, ('K', 'D') : -0.2, 55 ('I', 'C') : -3.6, ('F', 'R') : -4.9, ('F', 'V') : -0.5, ('L', 'C') : -3.8, 56 ('F', 'F') : 8.3, ('D', 'A') : -0.6, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.3, 57 ('L', 'P') : -0.2, ('Q', 'S') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : -0.1, 58 ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -2.6, ('Q', 'G') : -1.6, ('W', 'P') : -4.8, 59 ('Q', 'C') : -3.2, ('N', 'S') : 1.2, ('L', 'H') : -2.2, ('L', 'L') : 4.8, 60 ('G', 'T') : -0.5, ('M', 'M') : 4.8, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -4.0, 61 ('Y', 'G') : -4.9, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : -0.7, ('E', 'E') : 5.2, 62 ('Y', 'S') : -1.8, ('M', 'P') : -1.8, ('V', 'C') : -3.1, ('M', 'T') : 0.6, 63 ('V', 'G') : -2.3, ('R', 'E') : -0.4, ('V', 'K') : -3.8, ('K', 'Q') : 2.5, 64 ('R', 'A') : -1.7, ('I', 'R') : -3.8, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 65 ('M', 'D') : -4.3, ('M', 'H') : -3.4, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 2.5, 66 ('K', 'E') : 0.9, ('F', 'S') : -1.8, ('I', 'K') : -3.8, ('D', 'P') : -2.8, 67 ('D', 'T') : -1.2, ('I', 'M') : 4.0, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -3.0, 68 ('F', 'G') : -5.7, ('F', 'K') : -6.3, ('F', 'T') : -2.4, ('D', 'D') : 5.2, 69 ('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : -1.7, ('Q', 'P') : 0.1, ('W', 'C') : 1.6, 70 ('W', 'K') : -1.4, ('H', 'Q') : 3.2, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 14.7, 71 ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -2.9, ('L', 'K') : -4.1, 72 ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -2.1, 73 ('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 4.4, ('G', 'S') : 0.8, ('Y', 'D') : -2.3, 74 ('V', 'Q') : -3.5, ('L', 'T') : -0.4, ('G', 'G') : 5.8, ('G', 'C') : -1.3, 75 ('E', 'N') : 1.1, ('Y', 'T') : -3.4, ('Y', 'P') : -3.8, ('R', 'N') : -0.1, 76 ('V', 'D') : -3.3, ('K', 'R') : 4.3, ('V', 'H') : -3.8, ('I', 'Q') : -3.8, 77 ('V', 'P') : -1.6, ('M', 'C') : -3.7, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.6, 78 ('M', 'G') : -3.7, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -4.1, ('M', 'K') : -2.9, 79 ('I', 'A') : 0.1, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 5.1, ('F', 'P') : -3.2, 80 ('L', 'I') : 2.4, ('I', 'S') : -1.2, ('D', 'S') : -0.4, ('L', 'S') : -1.5, 81 ('I', 'H') : -3.7, ('F', 'D') : -5.7, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.1, 82 ('D', 'G') : 0.8, ('F', 'L') : 2.4 83 }
84 benner6 = _temp() 85 86 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp
87 -def _temp():
88 return { 89 ('W', 'F') : 0.5, ('L', 'R') : -2.9, ('I', 'I') : 4.2, ('Q', 'Q') : 4.2, 90 ('W', 'N') : -5.2, ('V', 'I') : 3.6, ('H', 'T') : -1.1, ('H', 'P') : -0.4, 91 ('W', 'V') : -4.5, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.1, ('Q', 'A') : -0.9, 92 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.3, ('L', 'N') : -3.5, ('Y', 'M') : -1.8, 93 ('Y', 'I') : -2.2, ('Y', 'E') : -4.0, ('E', 'S') : -0.5, ('Y', 'A') : -3.5, 94 ('Y', 'Y') : 9.0, ('T', 'C') : -1.1, ('E', 'C') : -4.3, ('Y', 'Q') : -1.9, 95 ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.4, ('C', 'C') : 12.6, ('M', 'R') : -2.1, 96 ('P', 'T') : 0.4, ('V', 'E') : -2.7, ('P', 'P') : 7.0, ('I', 'T') : 0.3, 97 ('K', 'S') : -0.4, ('R', 'G') : -0.7, ('I', 'P') : -2.3, ('R', 'C') : -1.6, 98 ('A', 'T') : 1.4, ('K', 'K') : 4.4, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 2.5, 99 ('I', 'D') : -4.0, ('K', 'C') : -3.3, ('K', 'G') : -1.0, ('R', 'S') : -0.5, 100 ('F', 'Q') : -3.6, ('F', 'A') : -3.1, ('V', 'V') : 3.7, ('M', 'N') : -2.6, 101 ('F', 'E') : -5.7, ('D', 'N') : 2.4, ('F', 'I') : 0.5, ('F', 'M') : 0.7, 102 ('M', 'S') : -1.5, ('S', 'S') : 2.0, ('L', 'Q') : -2.0, ('W', 'E') : -6.3, 103 ('W', 'A') : -5.5, ('W', 'M') : -2.8, ('H', 'S') : -0.5, ('W', 'I') : -4.4, 104 ('S', 'C') : 0.3, ('L', 'A') : -1.7, ('L', 'E') : -4.4, ('W', 'Q') : -3.3, 105 ('H', 'G') : -2.0, ('Q', 'N') : 0.5, ('H', 'C') : -1.5, ('L', 'M') : 3.2, 106 ('W', 'Y') : 1.5, ('Y', 'N') : -1.2, ('E', 'P') : -1.7, ('Y', 'F') : 5.9, 107 ('E', 'T') : -0.9, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.7, ('G', 'A') : 0.8, 108 ('Y', 'V') : -2.6, ('E', 'D') : 3.9, ('W', 'H') : -2.7, ('Y', 'R') : -2.7, 109 ('M', 'Q') : -1.7, ('P', 'S') : 1.1, ('R', 'H') : 1.5, ('A', 'C') : -1.2, 110 ('R', 'D') : -1.0, ('K', 'P') : -1.6, ('L', 'D') : -4.9, ('K', 'T') : -0.4, 111 ('V', 'N') : -2.3, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.8, ('V', 'R') : -2.9, 112 ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -3.4, ('A', 'S') : 1.3, ('T', 'T') : 2.5, 113 ('R', 'T') : -0.7, ('I', 'G') : -3.8, ('R', 'P') : -1.2, ('K', 'D') : 0.2, 114 ('I', 'C') : -2.4, ('F', 'R') : -4.3, ('F', 'V') : -0.1, ('L', 'C') : -2.6, 115 ('F', 'F') : 7.7, ('D', 'A') : -0.2, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.4, 116 ('L', 'P') : -1.3, ('Q', 'S') : -0.6, ('N', 'C') : -1.9, ('N', 'G') : 0.4, 117 ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -4.5, ('Q', 'G') : -1.4, ('W', 'P') : -5.8, 118 ('Q', 'C') : -3.3, ('N', 'S') : 1.1, ('L', 'H') : -2.1, ('L', 'L') : 4.6, 119 ('G', 'T') : -0.7, ('M', 'M') : 4.9, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -3.6, 120 ('Y', 'G') : -4.8, ('Y', 'C') : 0.6, ('E', 'A') : -0.3, ('E', 'E') : 4.6, 121 ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.0, ('V', 'C') : -1.7, ('M', 'T') : 0.1, 122 ('V', 'G') : -2.5, ('R', 'E') : -0.1, ('V', 'K') : -2.7, ('K', 'Q') : 2.2, 123 ('R', 'A') : -1.2, ('I', 'R') : -3.2, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 124 ('M', 'D') : -3.9, ('M', 'H') : -2.4, ('K', 'A') : -1.0, ('R', 'Q') : 2.2, 125 ('K', 'E') : 1.0, ('F', 'S') : -2.2, ('I', 'K') : -3.0, ('D', 'P') : -1.8, 126 ('D', 'T') : -0.7, ('I', 'M') : 3.1, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -1.8, 127 ('F', 'G') : -5.8, ('F', 'K') : -5.1, ('F', 'T') : -2.6, ('D', 'D') : 4.8, 128 ('Q', 'T') : -0.7, ('W', 'G') : -4.5, ('Q', 'P') : -0.1, ('W', 'C') : 0.5, 129 ('W', 'K') : -3.7, ('H', 'Q') : 2.4, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 15.7, 130 ('V', 'L') : 2.0, ('L', 'G') : -4.9, ('W', 'S') : -3.9, ('L', 'K') : -3.3, 131 ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -1.6, 132 ('Y', 'L') : -0.7, ('Y', 'H') : 3.7, ('G', 'S') : 0.6, ('Y', 'D') : -3.0, 133 ('V', 'Q') : -2.4, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 6.2, ('G', 'C') : -1.7, 134 ('E', 'N') : 1.2, ('Y', 'T') : -3.0, ('Y', 'P') : -3.5, ('R', 'N') : 0.4, 135 ('V', 'D') : -3.0, ('K', 'R') : 3.9, ('V', 'H') : -3.0, ('I', 'Q') : -2.7, 136 ('V', 'P') : -1.7, ('M', 'C') : -2.5, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.4, 137 ('M', 'G') : -3.8, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -3.6, ('M', 'K') : -2.0, 138 ('I', 'A') : -0.4, ('N', 'N') : 3.3, ('R', 'R') : 5.0, ('F', 'P') : -3.4, 139 ('L', 'I') : 2.7, ('I', 'S') : -1.4, ('D', 'S') : 0.1, ('L', 'S') : -2.1, 140 ('I', 'H') : -3.2, ('F', 'D') : -5.4, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.3, 141 ('D', 'G') : 0.7, ('F', 'L') : 2.2 142 }
143 benner22 = _temp() 144 del _temp 145 assert benner6 != benner22 146 147 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp
148 -def _temp():
149 return { 150 ('W', 'F') : 3.0, ('L', 'R') : -2.4, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 3.0, 151 ('W', 'N') : -4.0, ('V', 'I') : 3.2, ('H', 'T') : -0.5, ('H', 'P') : -1.0, 152 ('W', 'V') : -2.9, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.3, 153 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.1, ('Y', 'M') : -0.5, 154 ('Y', 'I') : -1.0, ('Y', 'E') : -3.0, ('E', 'S') : 0.1, ('Y', 'A') : -2.6, 155 ('Y', 'Y') : 8.1, ('T', 'C') : -0.6, ('E', 'C') : -3.2, ('Y', 'Q') : -1.8, 156 ('E', 'G') : -0.5, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.8, ('M', 'R') : -1.8, 157 ('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -2.1, ('P', 'P') : 7.5, ('I', 'T') : -0.3, 158 ('K', 'S') : 0.0, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2, 159 ('A', 'T') : 0.7, ('K', 'K') : 3.4, ('A', 'P') : 0.4, ('V', 'M') : 1.8, 160 ('I', 'D') : -3.9, ('K', 'C') : -2.9, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2, 161 ('F', 'Q') : -2.8, ('F', 'A') : -2.6, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2, 162 ('F', 'E') : -4.3, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 0.9, ('F', 'M') : 1.3, 163 ('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -1.7, ('W', 'E') : -4.7, 164 ('W', 'A') : -4.1, ('W', 'M') : -1.3, ('H', 'S') : -0.3, ('W', 'I') : -2.3, 165 ('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.4, ('L', 'E') : -3.1, ('W', 'Q') : -2.8, 166 ('H', 'G') : -1.6, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.9, 167 ('W', 'Y') : 3.6, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.7, ('Y', 'F') : 5.3, 168 ('E', 'T') : -0.2, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.6, 169 ('Y', 'V') : -1.4, ('E', 'D') : 2.9, ('W', 'H') : -1.0, ('Y', 'R') : -2.0, 170 ('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.5, ('R', 'H') : 1.0, ('A', 'C') : 0.3, 171 ('R', 'D') : -0.5, ('K', 'P') : -0.8, ('L', 'D') : -4.2, ('K', 'T') : 0.1, 172 ('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.2, 173 ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -2.2, ('A', 'S') : 1.1, ('T', 'T') : 2.5, 174 ('R', 'T') : -0.3, ('I', 'G') : -4.3, ('R', 'P') : -0.1, ('K', 'D') : 0.4, 175 ('I', 'C') : -1.2, ('F', 'R') : -3.5, ('F', 'V') : 0.1, ('L', 'C') : -1.6, 176 ('F', 'F') : 7.2, ('D', 'A') : -0.3, ('F', 'N') : -3.2, ('W', 'D') : -5.5, 177 ('L', 'P') : -2.2, ('Q', 'S') : 0.1, ('N', 'C') : -1.8, ('N', 'G') : 0.4, 178 ('H', 'N') : 1.2, ('W', 'T') : -3.7, ('Q', 'G') : -1.1, ('W', 'P') : -5.2, 179 ('Q', 'C') : -2.6, ('N', 'S') : 0.9, ('L', 'H') : -1.9, ('L', 'L') : 4.2, 180 ('G', 'T') : -1.0, ('M', 'M') : 4.5, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -2.4, 181 ('Y', 'G') : -4.3, ('Y', 'C') : -0.4, ('E', 'A') : -0.1, ('E', 'E') : 3.7, 182 ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.4, ('V', 'C') : -0.2, ('M', 'T') : -0.4, 183 ('V', 'G') : -3.1, ('R', 'E') : 0.3, ('V', 'K') : -1.9, ('K', 'Q') : 1.7, 184 ('R', 'A') : -0.8, ('I', 'R') : -2.6, ('N', 'A') : -0.2, ('V', 'S') : -1.0, 185 ('M', 'D') : -3.2, ('M', 'H') : -1.5, ('K', 'A') : -0.4, ('R', 'Q') : 1.6, 186 ('K', 'E') : 1.2, ('F', 'S') : -2.6, ('I', 'K') : -2.3, ('D', 'P') : -1.0, 187 ('D', 'T') : -0.2, ('I', 'M') : 2.6, ('F', 'C') : -0.7, ('W', 'L') : -0.9, 188 ('F', 'G') : -5.4, ('F', 'K') : -3.6, ('F', 'T') : -2.2, ('D', 'D') : 4.8, 189 ('Q', 'T') : -0.1, ('W', 'G') : -4.1, ('Q', 'P') : -0.2, ('W', 'C') : -0.9, 190 ('W', 'K') : -3.6, ('H', 'Q') : 1.4, ('Q', 'D') : 0.8, ('W', 'W') : 14.7, 191 ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -3.4, ('L', 'K') : -2.4, 192 ('N', 'P') : -1.0, ('H', 'E') : 0.2, ('N', 'T') : 0.4, ('H', 'A') : -1.0, 193 ('Y', 'L') : -0.1, ('Y', 'H') : 2.5, ('G', 'S') : 0.4, ('Y', 'D') : -2.8, 194 ('V', 'Q') : -1.7, ('L', 'T') : -1.1, ('G', 'G') : 6.6, ('G', 'C') : -2.0, 195 ('E', 'N') : 1.0, ('Y', 'T') : -2.1, ('Y', 'P') : -3.4, ('R', 'N') : 0.3, 196 ('V', 'D') : -2.9, ('K', 'R') : 2.9, ('V', 'H') : -2.1, ('I', 'Q') : -2.0, 197 ('V', 'P') : -1.9, ('M', 'C') : -1.2, ('K', 'N') : 0.9, ('V', 'T') : 0.2, 198 ('M', 'G') : -3.5, ('T', 'S') : 1.4, ('I', 'E') : -2.9, ('M', 'K') : -1.5, 199 ('I', 'A') : -0.8, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 4.8, ('F', 'P') : -3.8, 200 ('L', 'I') : 2.8, ('I', 'S') : -1.8, ('D', 'S') : 0.4, ('L', 'S') : -2.2, 201 ('I', 'H') : -2.3, ('F', 'D') : -4.7, ('D', 'C') : -3.2, ('F', 'H') : 0.0, 202 ('D', 'G') : 0.2, ('F', 'L') : 2.1 203 }
204 benner74 = _temp() 205 del _temp 206 207 208 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum100.cmp
209 -def _temp():
210 return { 211 ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1, 212 ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : -4, 213 ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -2, 214 ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -4, ('Y', 'M') : -3, 215 ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -3, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4, 216 ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -5, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 8, 217 ('G', 'N') : -2, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -3, ('Z', 'Z') : 4, 218 ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 219 ('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 2, ('V', 'S') : -3, 220 ('Z', 'P') : -3, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3, 221 ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -5, ('I', 'D') : -6, 222 ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -4, 223 ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -4, ('X', 'L') : -2, 224 ('T', 'M') : -2, ('Z', 'C') : -6, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3, 225 ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -3, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -4, 226 ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -5, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1, 227 ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -1, 228 ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -5, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3, 229 ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -5, ('Q', 'R') : 0, 230 ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -3, ('Q', 'C') : -5, ('W', 'I') : -4, 231 ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -5, 232 ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -4, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : -1, 233 ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -3, 234 ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -4, 235 ('G', 'A') : -1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3, 236 ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -2, 237 ('T', 'A') : -1, ('T', 'P') : -3, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2, 238 ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2, 239 ('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -4, 240 ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -6, 241 ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 8, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -2, 242 ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -2, ('Q', 'D') : -2, 243 ('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : -1, 244 ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -4, 245 ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1, 246 ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -3, 247 ('W', 'L') : -4, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0, 248 ('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -6, 249 ('L', 'D') : -6, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 0, 250 ('B', 'T') : -2, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -4, ('E', 'Q') : 1, 251 ('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -3, 252 ('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -2, ('Y', 'W') : 1, ('E', 'E') : 6, 253 ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -3, 254 ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -3, ('V', 'K') : -4, 255 ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2, 256 ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -5, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -5, 257 ('V', 'W') : -4, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -4, 258 ('K', 'A') : -2, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 5, 259 ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -2, ('Z', 'M') : -3, ('X', 'F') : -3, 260 ('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4, 261 ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -2, ('F', 'G') : -5, 262 ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -3, 263 ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -5, ('Z', 'F') : -5, 264 ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 0, 265 ('L', 'C') : -3, ('W', 'N') : -6, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5, 266 ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -4, 267 ('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -3, ('Y', 'H') : 1, 268 ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -2, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6, 269 ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5, 270 ('T', 'K') : -2, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2, 271 ('V', 'H') : -5, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2, 272 ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -3, ('M', 'C') : -3, 273 ('K', 'N') : -1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -5, 274 ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -5, ('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : -2, 275 ('I', 'A') : -3, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -2, 276 ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -2, 277 ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4, 278 ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -2, 279 ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -2, ('B', 'B') : 4 280 }
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2041 -def _temp():
2042 return { 2043 ('W', 'F') : 1.3, ('S', 'P') : 0.4, ('W', 'B') : -0.7, ('N', 'N') : 1.5, 2044 ('N', 'A') : 0.2, ('N', 'E') : 0.5, ('Z', 'Y') : -0.6, ('W', 'V') : -0.8, 2045 ('L', 'B') : -0.5, ('W', 'R') : 1.4, ('Q', 'A') : 0.2, ('S', 'D') : 0.2, 2046 ('H', 'H') : 1.5, ('Q', 'M') : 0.0, ('S', 'H') : -0.2, ('H', 'D') : 0.4, 2047 ('Q', 'I') : -0.3, ('S', 'L') : -0.4, ('Y', 'M') : -0.1, ('Q', 'E') : 0.7, 2048 ('Y', 'I') : 0.1, ('Y', 'E') : -0.5, ('Y', 'A') : -0.3, ('G', 'F') : -0.6, 2049 ('V', 'T') : 0.2, ('G', 'B') : 0.6, ('Y', 'Y') : 1.5, ('N', 'L') : -0.4, 2050 ('E', 'C') : -0.6, ('Y', 'Q') : -0.6, ('Z', 'Z') : 1.1, ('V', 'A') : 0.2, 2051 ('C', 'C') : 1.5, ('V', 'E') : -0.2, ('T', 'N') : 0.2, ('R', 'K') : 0.8, 2052 ('P', 'P') : 1.5, ('V', 'I') : 1.1, ('T', 'B') : 0.2, ('R', 'G') : -0.3, 2053 ('V', 'M') : 0.6, ('T', 'F') : -0.3, ('R', 'C') : -0.3, ('V', 'Q') : -0.2, 2054 ('K', 'K') : 1.5, ('M', 'B') : -0.3, ('P', 'D') : 0.1, ('I', 'H') : -0.3, 2055 ('M', 'F') : 0.5, ('I', 'D') : -0.2, 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